بنیاد غیردولتی ریاضیات مریم در شهریور ۱۳۹۸ به عنوان یک سازمان مردم‌نهاد به ثبت رسمی رسیده‌است.
اعضای اولیه هیأت مدیره بنیاد عبارتند از آقایان: مهندس احمد میرزاخانی، دکتر علینقی مشایخی، دکتر اسدالله آسرایی، مهندس محمدحسن جهانبخت، دکتر عباداله محمودیان، و خانم خیریه بگم حائری زاده.
یکی از اهداف بنیاد طبق ماده ۹ اساسنامه بنیاد غیردولتی ریاضیات مریم، کمک به شناسایی افراد مستعد، برگزاری همایش‌های علمی و جذب کمک از نهادهای دولتی و عمومی می‌باشد. در سال‌های گذشته وبینارهایی نیز در این مورد برگزار شده‌است.
بنیاد مریم در راستای عملی ساختن نیات زنده‌یاد پروفسور مریم میرزاخانی در زمینه‌های کمک به کشف استعدادهای نخبه در جامعه، ارائه کمک‌های مادی و معنوی به امر آموزش و رشد نخبگان، و الگوسازی و تکریم نخبگان فعالیت می‌کند.